Středověké dějiny hradu jsou spojeny se šlechtickým rodem Bavorů, jež přicházejí do Strakonic kolem r. 1200. V roce 1243 daroval Bavor I. a jeho manželka Bolemila část strakonického hradu řádu maltézských rytířů, johanitů. Z expozice např.: Pravěk a středověk Strakonicka, Malý a velký rytířský sál, expozice Dudáctví, Výroba fezů, Rumpál, aj.